1949年，加拿大神召会宣教士麦嘉伦姑娘和白智贞姑娘 本著 神爱世人的心来到香港宣教，鑑于当时儿童普遍缺乏教育的机会，两位 神的使女便于1954年在九龙石硖尾村创办嘉智幼稚园及小学。办学初期，课室设在村内一细小石屋内，两位宣教士夙夜匪懈，不辞艰辛，经多年耕耘，略有成果。

1971年本校迁往石硖尾伟智街五号自置校舍，楼高五层，佔地逾万呎，增设中学部，学生人数达一千人。

本校于1982年获准成为政府资助文法中学。后政府推行迁校计划，在新界屯门四十四区为本校兴建标准中学校舍，本校遂于1988年迁至屯门，延续宣教士的使命，直到今天。校舍现有课室二十四间、特别室十七间(包括创意媒体中心、三间电脑室、四间科学实验室、音乐室、美术室、家政室、缝纫室、英语室、通识教育室、人文教育室、体适能室等)、多用途活动室、以及最近扩建的大型图书馆。